諫早～長崎は並行在来線の営業キロが適用されます。
新幹線と在来線特急の乗り継ぎ割引が適用
西九州新幹線の車両（乗りものニュース編集部撮影）。
JR九州は2022年4月27日（水）、開業をことし9月23日に控えた西九州新幹線 武雄温泉～長崎間について、運賃や特急料金の上限額を国に認可申請しました。
運賃計算のための営業キロは、武雄温泉～諫早では実際の新幹線の距離、諫早～長崎では、並行するJR長崎本線の営業距離により計算されます。
なお、近距離利用を促進するため、隣の駅までなどは特急料金を870円に抑えるなどの措置もとられます。
あわせて、武雄温泉で新幹線と在来線特急「リレーかもめ」（門司港～博多～武雄温泉で運転）を乗り継ぐ場合、特急料金は、それぞれの特急料金を1割引きしたものの合算となります。今までは特急券1枚で長崎まで行けたのが、乗り換えにより2本分の特急券を購入することになるため、その救済策となります。
在来線特急で旅行する場合との比較
では、新幹線が開業して、博多～長崎間の金額はどうなるのでしょうか。認可時の料金で計算してみます。
【新幹線開業前】
・運賃 博多～肥前山口～諫早～長崎：2860円
・特急「かもめ」博多～長崎：自由席2200円
合計 5060円
【新幹線開業後】
・運賃 博多～武雄温泉～大村～諫早～長崎：2860円（在来線ルートと同じ）
・特急「リレーかもめ」博多～武雄温泉：自由席1200円を1割引きで、1080円
・新幹線 武雄温泉～長崎：自由席1760円を1割引きで、1580円
合計 5520円
となり、合計額では460円の増額となります。
指定席料金は、特急料金に530円（通常期）または730円（繁忙期）が追加されます。
