長崎県内でも運転見合わせが発生しています。
JR肥薩線の海路駅付近。2020年7月4日撮影（画像：国土地理院）。
2020年7月3日（金）からの梅雨全線に伴う大雨により、九州南部を中心に交通機関の被災や運休などが生じています。鉄道の6日（月）10時30分現在の状況は次のとおり。
●JR九州新幹線
熊本～鹿児島中央間で始発から運転見合わせ。
●JR大村線
早岐～諫早間（全線）で運転見合わせ。
●JR長崎本線
肥前鹿島～長崎間で運転を見合わせ。
●JR肥薩線
八代～吉松間は終日運休。吉松～隼人間は始発から運転見合わせ。「SL人吉」と、特急「かわせみ やませみ」「いさぶろう・しんぺい」は終日運休。
●JR鹿児島本線
川内～鹿児島中央間で始発から運転見合わせ。
●JR日豊本線
南宮崎～鹿児島中央間で始発から運転見合わせ。特急「きりしま」は始発から運転見合わせ。
●JR吉都線
吉松～都城間（全線）で始発から運転見合わせ。
●JR日南線
南宮崎～志布志間（全線）で始発から運転見合わせ。
●JR指宿枕崎線
鹿児島中央～枕崎間（全線）で始発から運転見合わせ。特急「指宿のたまて箱」は始発から運転見合わせ。
●くま川鉄道湯前線
人吉温泉～湯前間（全線）で当分の間運休。
●肥薩おれんじ鉄道
八代～出水間は当分の間運休。出水～川内間は始発から運転見合わせ。
国土交通省によると、肥薩線は鎌瀬～瀬戸石間（熊本県八代市）の球磨川第一橋梁（きょうりょう）が流出したほか、同路線の複数箇所で線路が冠水。「確認中」としていた那良口～渡間の第二球磨川橋梁も流出が確認されました。第一・第二橋梁ともアメリカで造られたピン結合方式のトラス橋で、およそ110年前の明治時代に架けられました。
くま川鉄道では、JR人吉駅に隣接する人吉温泉駅（同・人吉市）構内で土砂流入や冠水があり、全5両の車両も浸水。川村～肥後西村間（同・相良村、錦町）では、1937（昭和12）年に建造された国登録文化財の球磨川第四橋梁が流出しました。
肥薩おれんじ鉄道では佐敷駅（同・芦北町）構内で線路が冠水したほか、海浦～佐敷間で土砂流入、御立岬公園～肥後田浦間で道床流出が確認されています。
